本作单版本可入手全部47块Mega石以及两块原始回归用玉。（御三家Mega石可在与固拉多/盖欧卡战斗后去114号道路出现的老爷爷手中购买剩下的两枚（价格1500））
具体入手方法如下：
*可以通过ctrl+F的快捷键直接搜索PM名字
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| 1 | 妙蛙花的Mega石 | 2 | 喷火龙的Mega石X | 3 | 喷火龙的Mega石Y | 4 | 水箭龟的Mega石 | 5 | 大针蜂的Mega石 |
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| 6 | 比雕的Mega石 | 7 | 胡地的Mega石 | 8 | 呆河马的Mega石 | 9 | 耿鬼的Mega石 | 10 | 袋龙的Mega石 |
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| 11 | 大甲的Mega石 | 12 | 暴鲤龙的Mega石 | 13 | 化石翼龙的Mega石 | 14 | 超梦的Mega石X | 15 | 超梦的Mega石Y |
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| 16 | 电龙的Mega石 | 17 | 大钢蛇的Mega石 | 18 | 巨钳螳螂的Mega石 | 19 | 赫拉克罗斯的Mega石 | 20 | 黑鲁加的Mega石 |
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| 21 | 班吉拉的Mega石 | 22 | 蜥蜴王的Mega石 | 23 | 火焰鸡的Mega石 | 24 | 巨沼怪的Mega石 | 25 | 沙奈朵的Mega石 |
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| 26 | 勾魂眼的Mega石 | 27 | 大嘴娃的Mega石 | 28 | 波士可多拉的Mega石 | 29 | 恰雷姆的Mega石 | 30 | 雷电兽的Mega石 |
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| 31 | 巨牙鲨的Mega石 | 32 | 喷火驼的Mega石 | 33 | 七夕青鸟的Mega石 | 34 | 诅咒娃娃的Mega石 | 35 | 阿勃梭鲁的Mega石 |
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| 36 | 冰鬼护的Mega石 | 37 | 暴蝾螈的Mega石 | 38 | 巨金怪的Mega石 | 39 | 拉帝亚斯的Mega石 | 40 | 拉帝欧斯的Mega石 |
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| 41 | 原始盖欧卡 | 42 | 原始固拉多 | 43 | 烈空坐 | 44 | 长耳兔的Mega石 | 45 | 烈咬陆鲨的Mega石 |
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| 46 | 路卡利欧的Mega石 | 47 | 暴雪王的Mega石 | 48 | 艾路雷朵的Mega石 | 49 | 差不多娃娃的Mega石 | 50 | 蒂安希的Mega石 |
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从XY中传输蒂安希到ORAS之后进入任意一个PC剧情获得 |