本文为口袋妖怪复刻版二周目剧情流程攻略，详细讲解陨石危机、希嘉娜登场、获得成都御三家、获取技能机及与水舰队对战等关键剧情与道具获取步骤。
二周目开始，十年后
绿岭宇航中心观测到了某陨石改变了轨道正向地球飞来
然后画面切到天柱，一个深爱着她咕妞妞的妹子
到家楼下，爸爸给了双人票（Pair of Tickets），可以去绿岭市看展览
出门后Zinnia登场自我介绍然后走了
进家门再出来，会发现博士又被追赶了，这次是蘑蘑菇，他会送你成都御三家菊草叶/火球鼠/小锯鳄其中的一只
元气药块*1
来流星瀑布里面玩玩
水至清则无鱼……
TM02（龙之爪）
来到小遥家，发现Zinnia偷了她的键石，下一站是橙华市
来到橙华市的小光家，发现海潮要抢他和你的键石，开始对战！
Aqua Admin Matt ￥5300 – Lv.53 巨牙鲨 ♂
电话来了，原来是得文公司的PokeNav新功能，大吾叫你去得文公司一趟
来到卡那兹市的得文公司看到大吾，这细节做得不错，大吾进去然后又出来说了句“After you”（你先请）。
见到父亲大人，岳父您整天坐在椅子上不累么，手的位置也不对。
爸~~！（自行脑补）
Bah……233
兹伏奇说3000年前在很远的地方发生了一场战争，最后战争因为一个人制造的武器结束了。那武器要牺牲许多精灵才能获得强大的能量，兹伏奇他爹想着：“为何我们不能利用这种能量来改善人与精灵的生活条件呢？”
于是使得文公司名声大噪的产品“无限能量”（Infinity Energy）诞生了。之前主角帮忙递送的零件可以使潜艇使用这种能量，绿岭宇航中心的火箭也是使用这种能量。
于是……问题来了：一个直径6英里的陨石正往地球袭来。为了阻止此次危机他们需要一个陨石碎片（Meteorite Shard），结果说了半天就是要主角去找碎片。
接下来要去106号道路的石之洞窟。
来到与大吾初次邂逅的地方，发现Zinnia在这看壁画，开战！
你好猴子，再见猴子。打败她过后获得陨石碎片。获得碎片后背包里的陨石又闪了一下。
Pokemon Trainer Zinnia ￥5700 – Lv.55 怪颚龙 ♂、Lv.55 七夕青鸟 ♀、Lv.57 暴蝾螈 ♂
妹子深情的对视。
又有电话，怎么还是V0.09？这都过了五分钟了！真是没效率。
大吾叫你去绿岭宇航中心。
来到绿岭市的宇航中心，楼梯处的小姐会带你上2楼。给了索兰斯博士陨石碎片后他解释了计划。
使用填充了无限能量的火箭，与键石内传递的人类的能量融合，然后将能量射至宇宙，生成虫洞（Warp Hole），然后通过这个虫洞将陨石利用传送装置（Link Cable）传送到远离地球的地方。
Zinnia突然闯了进来，指责使用这种能量是在重演历史，或许更糟！你们需要点想象力！说完这些就走了。
然后索尔斯博士叫你去流星瀑布再去找一个更加纯正的陨石碎片。
来到114号道路的流星瀑布内部（需要冲浪和攀瀑）
进入瀑布上方的洞后，往右上角走可以看到一个楼梯，下去后往左上角走有个往上的楼梯。上去后可以看到一对夫妻，往他们的右上角走看到大吾，他已经拿到了碎片，还认识了一位龙奶奶。
BGM切换——
很久很久以前，丰缘几经风雨，几次都是伟大的烈空坐拯救了丰缘地区。某个龙传承者对着散发彩色光芒的石头许愿，于是烈空坐获得了更加强大的力量，实现了超级进化。这种转换被后人称之为“Mega进化”。
现任的龙传承者名叫希嘉娜，她为了召唤烈空坐阻止灾难，指引水梧桐如何召唤超古代神兽盖欧卡。
返回得文公司。
刚来发现索兰斯博士又遇上麻烦了。
水舰队手下 ￥2000 – Lv.48 大狼犬 ♂、Lv.50 大嘴蝠 ♂
水舰队手下 ￥2040 – Lv.51 臭臭泥 ♂
水舰队手下 ￥1960 – Lv.49 大嘴蝠 ♂、Lv.49 巨牙鲨 ♂
水舰队成员偷走了控制传送装置的次元移位器。
来到绿岭宇航中心，迎战水舰队众人。
水舰队手下 ￥1000 – Lv.25 大狼犬 ♀×5
来到2楼，大吾也在，与他联手双打。
水舰队手下＆水舰队干部潮 ￥7540 – Lv.51 大狼犬 ♀、Lv.51 臭臭泥 ♀、Lv.55 Mega巨牙鲨 ♂
希嘉娜的咕妞妞现身，抢走次元移位器后将其捏碎。随后希嘉娜撞向主角，抢走了主角的钥石。
来到水静市右侧的水舰队基地，这里NPC位置和地图与一周目一致，可收集道具如下：
金珠 – B
睡觉招式、全满药 – C→D
穿洞绳 – C→E
最大万能药 – C→E→F
巢穴球 – C→E→G
PP最大值 – C→E→G→J→K
TM97 恶之波动 – C→E→G→H→I
顽皮弹×2、金珠、大师球、水梧桐＆希嘉娜 – C→E→G→L→M→九个机关走法：1-1、2-2、2-1、3-1→N